故事的场景是在距离地球约20光年的“银河漂流舰队”，那是由“拉格那母星”生存下来的人以及在宇宙中其他星球飘流出来的人所组成的舰队，目的是为了要找寻充满绿色植物的理想星球。
大雄一众在玩未来宇宙船竞赛游戏时，发现胖虎及小夫在游戏结束后仍未回来，其实两人被游戏盒子的UFO掳去。他们拼死乘坐宇宙救命艇从后追赶，却被UFO驾驶员“银河漂流船队”的少年骑士团所擒，他们因母星环境污染正找寻另一恒星居住。UFO打算回归母船时，又出现来历不明的船队，骑士团和大雄等被曾在惊世预言中出现的艾哥鲁安古林绑架，究竟其真正身分是谁？
由“拉格那母星”生存下来的人与其他漂流在宇宙中的人组成“银河漂流舰队”，为了找寻适合生存的星球，派遣出“宇宙少年骑士团”四处寻找。李昂等四人被派到太阳系而发现了地球，无意间将正在“星际大奇航”游戏中的胖虎与小夫带进所搭乘的太空船中离开了地球。哆啦A梦与大雄、静香为了救出他们，乘坐“宇宙救护船”追了下去。但是在途中因为空间跳跃时遭到强力电磁波击中，导致太空船损毁。幸而李昂的太空船亦在相同地方也是因为跳跃装置故障而停滞，哆啦A梦等人因此而进入了李昂的太空船，恰巧与胖虎和小夫相遇。
当李昂一行人回到了“银河漂流舰队”前，发现与原先舰队中多出了以李昂的父亲李贝尔特为首的“独立军”，这个独立军的目的就是要以武力侵略适合生存的星球，他们经由派出去的间谍佛蕾亚得知了地球的情报，并且计划要进攻地球。
李昂在舰队之神“优格特树”的指引下，见到了自己的母亲，并且经由其指示，要瓦解“独立军”必须先击倒控制着他父亲李贝尔特司令官的安葛尔摩亚。在哆啦A梦以及大雄等人的协助下，成功解救了危机。