最高法院对曾我和哉判以死刑，此时春日国防次官闯入法庭，曾我称试图切断他网络的人会从这个城市消失，而他希望春日能找出真相。公安的整个系统陷入瘫痪，草薙任命调查此事。LOGICOMA被入侵者植入了虚假的记忆，就在草薙查询这段记忆时，交通管制系统被大面积入侵，交通陷入瘫痪状态。