草薙追踪中佐被杀事件，她潜入第六演习场，终于将所有线索串了起来。躲在一旁的突击队成员巴特早就被草薙发现，就在他们争执不下时，一群神秘人突然包围了他们。草薙等人奋力冲出仓库，此时一群机器少女对他们发起死亡进攻。关键时刻，陆军警察救了他们，但草薙却被当做杀害中佐的嫌疑人而遭到逮捕。