因为日本的“细菌珍珠港计划”是绝对的秘密，一旦失败，所有掌握核心秘密的人都得死。所以河野夫和自己的属下，必须切腹自杀为大日本帝国殉葬！川岛(吕一丁 饰)赶过来时，河野夫托付川岛要把自己的遗体运回大日本帝国，川岛心情沉重的答应了。包括河野夫在内的所有核心成员都剖腹自杀了。就在石原也准备自杀时，他的老师德川赶到了，阻止了石原，他告诉石原，他们的使命还没有完成，他不能死。川岛开始指挥士兵埋设炸药，他要把这个罪恶的细菌基地炸毁，目的是消灭证据。而刘大鹏(刘小锋 饰)和李梦云(陈紫函 饰)她们要争分夺秒赶在川岛动手处死在押犯人之前，救出江嫂和伊万诺夫。

　　美智子(韩烨 饰)来到细菌基地疯狂的到处寻找自己的父亲。经过艰苦的努力，刘大鹏他们终于把江嫂他们成功的救了出来，看着细菌基地火光冲天，爆炸声四起，刘大鹏李梦云以及江嫂他们都感慨万千，这个魔窟，曾经害了多少中国人，给中国带来了多么深重的灾难。因为石原是直接负责病毒研究的科学家，所以对石原的下落上级极为重视，善后清理时，因为尸体都被火烧过，损毁严重，李梦云只能通过石原的物品，证件来间接判断，石原已经自杀。雪城解放了，中共雪城委员会正式成立，李梦云任委员会主任。

　　刘大鹏带着李梦云祭拜了父亲李天昊和小野(邵汶 饰)，告诉他们胜利的消息，以告慰他们的在天之灵！刘大鹏也带着弟兄们通过了考验顺利的加入了共产党，成了一名光荣的中共战士。而此时，国民党为了打赢内战，也正在积极地招兵买马。其实石原也并没有死，在德川的安排下，石原已经逃离了细菌基地隐藏起来，他告诉德川，自己对今天的这个结局早有准备。他手里还有最后的一招也是最厉害的一招，更厉害的新型生化武器，现在只要找出他被事先注射了特殊病菌的三个“马卢达”他的计划就可以顺利启动。

　　李梦云发现，雪城的伤寒病人突然大量增加，李梦云赶紧打电话向上级联系疫苗控制疫情！随后，押运疫苗回来的李梦云被一伙身份不明的蒙面人打劫，好在刘大鹏及时赶到，才没有发生严重的后果。但，他们很奇怪，是谁要这么做，目的是什么！