小智一行人离开古香镇，来到岩壁海岸，他们在做特训前，用鱼竿钓到了貌似海藻的垃垃藻。垃垃藻受了伤，柚丽嘉为它贴上胶布后，却受到攻击，垃垃藻攻击小智他们后逃掉，皮卡丘被垃垃藻的毒液打到中了毒，令皮卡丘陷入猛毒状态，正当小智要带皮卡丘去宝可梦中心治疗时，他们遇到了海底考古学研究者夫妇艾迪和玲季，并帮皮卡丘解了毒，之后得知了他们要到海底去调查一艘已经沉没的豪华巨轮卡斯拉号，因此小智一行人决定一起出海研究洋流和沉船，到底他们会有甚么发现呢？