21世纪初，世界突然出现了奇怪的门扉“黑点”，一种被称为“Z/X”的异形生物从中涌现而出，他们在世界各地散布死亡讯息，由此，人类与Z/X展开了激烈战斗。三年后，神户的北部和西部分别遭到了来自赤之世界的攻击，为保护神户，少年天王寺飞鸟加入战斗，激战中远处的神户发生异变……事情回到一周之前的平安夜，飞鸟从一名不可思议的少女手中接过了“卡片装置”后，他的命运开始发生巨变……