2030年代，由神秘侦探明智小五郎率领的少年侦探团持续以超人般的行动力解决千奇百怪的事件。但某天，身为团员之一的花崎健介在机缘巧合下遇见了拥有不死之身的小林芳雄，在一番努力过后成功说服他加入少年侦探团。这一系列的行动将带领他们与一群奇特的人们相遇、并与他们交错出一段常人难以想象的命运。