少女穿越了时空。在浑仪罗盘所指示的时间跳跃前方，真理与各种各样的科学家相遇，与和花、旬一起追逐着行踪不明的永司的足迹。在那里，同样追逐着永司去向的实业家·御影丞的动向带来了暗影。以现代围绕着永司失踪的故事为纵轴，以过去真理等人与科学家所展开的发明发现相关联的故事为横轴展开。