故事发生在人类与敌人“Unknown”战斗的世界中。几十年前，因为Unknown的侵略，孩子们躲进了低温休眠的避难设施中。当他们从休眠状态中醒来后，发现了自己拥有超能力“世界”。为了保护国家，少年少女们在东京、神奈川和千叶等防卫都市，与从东京湾GATE出现的Unknown展开了殊死决战。