小林少年直到升入初中二年级的今天为止，都未曾感到过活着的喜悦。某天，他在凌乱的教室里醒来，而面前竟然是老师七零八落的尸体。小林首当其冲被警察怀疑，并以嫌疑犯的身份遭到逮捕。由于证据不足而被释放的小林，前往拜访明智，明智是年仅17岁就得到政府许可证的少年侦探。围绕着神秘的“人间椅子”，小林和明智的推理开始了。