这是一个人类失去制海权的世界。蹂躏大海的威胁叫做“深海棲舰”。可以与这种威胁进行对抗的，只有被称为“舰娘”的继承了存活舰艇之魂的女孩们。对抗深海棲舰的舰队据点就是“镇守府”。那里汇聚了形形色色的舰娘，她们每天都在那里切磋训练，那里是大家共同生活的地方。某天，镇守府迎来了一名新舰娘。她是特型驱逐舰——名叫“吹雪”。“我叫吹雪！请大家多多关照！”吹雪的舰娘物语现在开始。