立山国际高中的白羽由希奈，在三人面谈后追赶暴风雨般离开的母亲·洋海为了送还遗忘的智能手机，朋友荻布美夏也一起到母亲的工作场所黑部研究所去。在大厅里顺利的把智能手机交给了母亲，相识的研究人员、荒俣稔等人说着的话的时候突然火球飞来了，产生的冲击波将研究所的窗户玻璃震碎了。在警报鸣响的研究所地基内，身份不明的侵略者同警备员们展开战斗，打算到地下避难的由希奈的目光停留在了实验室里方块发出的奇怪的光上。