2150年6月25日。在残存人类极少的生存圈，夏威夷岛遭到菲斯特姆的袭击。新联合国下达交战规定Alpha命令，将岛连同生存者一起烧尽。在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名少女，她被一个菲斯特姆保护着。在那一年后，龙宫岛度过着与以前并无二致的和平日子。在与来主操的对话之后，岛再次从世界中消失了身影，一骑等人也走下法芙娜，将后辈广登等人作为防卫的重点。但，随着一架输送机造访岛上，他们再度被卷入战争……！