毁灭世界的核战争并未发生，世界一直处于和平状态，因此健次郎为了解救世纪末危难而习得的北斗神拳变得毫无用处。他四处寻找“世纪末”，无意间来到了名为“世纪末学园”的学校门口，被叼着面包的女生硬拉到了学校里。健次郎成了二年级揉班的转校生，展开世纪末的校园生活。